矢奈比賣神社の創立年月は、詳らかでありませんが、延喜式内社に列しており、古くは磐田市元天神の地に祀られておりました。いつの時代にか現在地に奉遷されましたが、その年月は詳らかでありません。
古い記録によれば、『続日本後記』に「承和七年六月戊辰（８４０年）奉授、遠江国磐田郡無位矢奈比賣天神従五位下」とあり、また『三代実録』に「貞観二年正月戊寅（８６０年）詔授、遠江国従五位上矢奈比賣天神正五位上」と神階を授けられております。
相殿菅原大神（天満大自在天神）は一条天皇正暦四年（９９３年）に勧請奉祀されております。
慶長８年徳川家康より神領五十石が寄進されており、明治６年県社に列せられました。
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